菌種在使用和傳代過程中容易發生污染、變異甚至死亡,因而常常造成菌種的衰退,并有可能使優良菌種丟失。菌種保藏的重要意義就在于盡可能保持其原有性狀和活力的穩定,確保菌種不死亡、不變異、不被污染,以達到便于研究、交換和使用等諸方面的需要。
菌種保藏是將微生物菌種采用適宜的方法妥善保藏，避免其死亡、污染，并保持其原有性狀基本穩定的一種實驗方法，也是微生物實驗室極為重要的一項基礎性工作。
甘油冷凍保藏菌種是目前實驗室應用為廣泛的一種的菌種保藏方法，原理是以甘油為保護劑，低溫冷凍條件下，使微生物的新陳代謝趨于停止，從而達到長期有效的保藏。一般來說，保藏溫度越低，保藏效果越好，目前實驗室大都采用-80℃（-70℃）冰箱保藏。主要有以下注意事項：
1.選擇合適的培養基
勿使用選擇性培養基。一般使用非選擇性的增菌培養基，因為微生物在選擇性培養基中生長某些生物特性可能丟失，保藏的菌種的生物特性可能與標準菌株特性不同。
2.菌液的濃度
菌液的濃度一般越大，菌種保存時間越長。保藏時細菌常使用菌液，霉菌常用無菌水或生理鹽水制備成的孢子懸液。
3.甘油濃度
甘油終濃度一般為10%~20%。由于甘油原液太粘稠，需要配制合適的甘油-水溶液，將菌懸液與甘油以1:1的體積比充分混勻后，分裝至提前滅菌好的保藏管中，-80℃（-70℃）冰箱保存。
4.反復使用
對菌種進行保藏時注意“慢凍快化”，冷凍時降溫速率保持1℃/min,復蘇時用37℃水浴融化，能夠保證菌種大的成活率。當冷凍菌種融化后，應避免再次冷凍，否則菌體的生存率會大幅度降低。
5.保存時間
該方法適合中長期菌種保藏，保藏時間一般為2-4年左右。
